kullandığın linux sürümü ve mysql sürümü nedir ?
büyük ihtimalle mysqld config de hata vardır diye düşünüyorum. mysqld config dosyasını atabilirsen bir incelerim.
Mysqld config dosyasının da nerde olduğu mysql srümüne göre değişebiliyor.
genelde;
/etc/my.cnf
/etc/mysql/my.cnf
/etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf
konumlarında oluyor. bulup atabilirsen inceler, neyin sebebiyet vereceğine bakarım.